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Die Johannes Kepler Universität ist sowohl in Grundlagenforschung wie in der anwendungsorientierten Forschung die größte Forschungseinrichtung der Region . Ein Fünftel des gesamten Budgets der Universität kommt heute schon aus Dritt- und Fördermitteln. Gemeinsam mit der TMG (Technologie-Marketing GmbH Oberösterreich) und UAR (Upper Austrian Research GmbH) werden Kompetenzzentren im Rahmen der 'Kplus'- und 'K'ind-Programme der österreichischen Bundesregierung aufgebaut.
Zu den bedeutendsten zählen das 'Software Competence Center Hagenberg' (SCCH) und das 'Linz Center of Competence in Mechatronics' (LCM).
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